Сагайдачний не образився з того, бо такі зміни були, й, передавши булаву, поїхав у Київ служити Україні тим чином, який мав за найкращий.
На той час закінчили будівлю Братського монастиря на Подолі, та стала працювати при тому монастирі школа; Сагайдачний разом із Плетенецьким та Борецьким узявся до подальшої боротьби проти латинства та спольщення українського народу. На першу чергу він поставив відновлення на Україні православних владик. По смерті Балабана (1607) у Львові, Копистинського (1610) у Перемишлі король Жигмонт віддавав владицтва тільки уніатам, і до року 1619-го на всю Україну лишався тільки один православний владика Тисаровський, та й той здобув сан тільки через те, що обіцяв королеві прийняти унію, хоча й не зробив того.
Почувши, що через Україну має вертатися з Москви в Туреччину патріарх Теофан, Сагайдачний закликав його до Києва на престольне свято Печорського монастиря; разом з іншими православними діячами почав просити його, щоб висвятив для України митрополита і владик. Патріарх не наважувався того зробити, боячись помсти короля й католиків, та Сагайдачний, що держав під своєю рукою всіх городових козаків, узяв на себе відповідальність за безпеку для патріарха, й тоді Теофан висвятив за осінь та зиму 1620 року митрополита в Київ та п'ятьох владик на українські та білоруські кафедри. Дотримуючи свого слова, Сагайдачний з цілим полком козаків провів патріарха аж за річку Дністер.
Король Жигмонт, почувши про висвячення владик, звелів усіх їх захопити та кинути до в'язниць; проте Сагайдачний із козаками не допустили того злодійства й переховували владик у різнцх монастирях. Доки Сагайдачний працював над розвитком української національної свідомості, на Запорожжі гетьман Бородавка водив Запорозьке Військо новим походом на Чорне море. Підпливши знову під Царгород, запорожці почали шарпати його околиці. Турки не чинили козакам жодних перешкод, бо походи Сагайдачного нагнали такого страху на турецьке військо, що яничарів навіть киями не змогли загнати на кораблі, й турецький флот так і не вийшов у море. Погулявши по околицях Царгорода досхочу, запорожці після того пограбували береги мало не по всьому Чорному морю.
Турецький султан, украй роздратований останнім походом запорожців та нападами поляків на підлеглих султанові угорців, послав на Польщу своє військо й неподалік Дністра так розгромив поляків, що сам коронний гетьман Жолкевський наклав там головою, а напольний гетьман дістався туркам у бранці.
Після того погрому Польща опинилася в дуже скрутному становищі, бо підготовленого війська майже не мала, на упорядкування нового не було часу й грошей. Доводилося королеві проти бажання знову звертатися до козаків. Сагайдачний скористався з цього й року 1621-го вирядив на польський сейм свого посла клопотатись, щоб за участь козаків у війні було затверджено православних владик та надано козацтву полегкості. Тільки всі вимоги й докори українського посла пішли на вітер: король та сенатори ніде не хотіли поступатися.
Тоді Сагайдачний задумав повести політику Самійла Кішки й разом із владикою Курцевичем поїхав на Січ умовляти запорожців, щоб не йшли на поміч польському військові, доки король не задовольнить козацьких вимог. Під впливом промов Сагайдачного та владики запорожці зчинили ґвалт, що боронитимуть православну віру до загину свого, а проте, коли королівський посол сипнув грошима та понадавав усіляких обіцянок, запорожці не втерпіли… Війна з бусурманами здавалася їм святим ділом, політика ж для більшості з них не була зрозуміла. Скінчилося тим, що Військо Запорозьке доручило Сагайдачному разом із Курцевичем їхати до короля випрошувати козацькі права, саме ж під проводом Бородавки виступило походом до Дністра на поміч Польщі.
Доки Сагайдачний прибув до Варшави, король уже довідався, що козаки виступили із Січі, й не схотів поступатися; у розмові із Сагайдачним обмежився тільки ласкавими словами, так що той ні з чим повернувся до війська.
Тим часом у козаків настрій перемінився; Бородавці запорожці дорікали за те, що невдало керував військом і втратив уже в зачіпках із турками чимало товариства; коли ж Сагайдачний прибув на Січ, запорожці одразу ж скинули Бородавку з уряду, а обрали гетьманом Сагайдачного.
Прийнявши булаву, Сагайдачний мав владу одвести козаків од Дністра й лишити поляків без підмоги, аж доки король задовольнить його домагання, та тільки знаючи, що на 35 000 польського війська наступає сам султан Осман із величезною силою в 300 000 турків, він зрозумів, що таким вчинком віддав би польське військо на вірну смерть, а саму Польщу разом з Україною — на руїну й загибель; маючи ж короля за свого державця, Сагайдачний вважав такий вчинок зрадою, і його лицарська вдача не дозволила йому так вчинити. Український лицар обмежився тільки тим, що ще раз листом просив короля, щоб за козацьку послугу задовольнив бажання козаків; сам же якнайскорше почав гуртувати навколо себе не тільки козаків, а й тих, хто, не бувши козаком, хотів козакувати. Це добре йому вдалося, бо його ім'я і слава були відомі всій Україні, й на цей заклик зійшлося більш як 40 000 озброєного люду. З тією силою він і рушив за Дністер визволяти коронного гетьмана Ходкевича, що стояв, оточений турками, під Хотином.
Нападаючи на турків несподівано то з одного, то з другого боку, Сагайдачний зумів здійняти в турецькому війську переполох і пробився під Хотин на велику радість поляків, що вже очікували свою загибель.
Поляки тим дужче раділи з приходу козаків, що знали їхню звичку до війни з турками й татарами та їхній войовничий хист. Турки ж вважали козаків за більшу силу од польської і всю увагу звернули на те, щоб перемогти спочатку козаків, а потім уже взятися за поляків. Вони рішуче атакували козацький табір, та Сагайдачний не тільки відбив їх, а ще й сам почав атакувати, розгромивши їхні чати, залоги й окремі загони, ба навіть вдерся в турецький табір.
Така відвага даремно не минулася й самому Сагайдачному, який особисто водив козаків у бій: його було поранено кулею в руку. Проте й це нещастя не зменшило завзяття гетьмана, і він, ховаючись зі своєю раною од товариства, щоб не завдавати козакам жалю, бився поряд із ними до кінця. Хоча війна тривала довго, так що польські шляхтичі занудьгували за домівками і без сорому потай тікали з табору, ховаючись у возах, що йшли за припасом, та Сагайдачний зумів втримати козаків у слухняності, й вони рішуче билися, аж доки султан, побачивши, що нічого не вдіє, змирився з Польщею.
Одходячи з-під Хотина, поляки прославляли козаків та Сагайдачного, називаючи їх збавителями Польщі. Сподіваючись, що так тепер дивиться на козацтво й король, Сагайдачний, повертаючись на Україну, послав до нього гінців із проханням, щоб за послугу було збільшено плату козакам із 40000 злотих до 100000, щоб їм вільно було пробувати по всій Україні в своїх оселях по маєтностях королівських, духовних та панських, користуючись вольностями своїми, та щоб заспокоєно було православну віру. Але козаки вже були не потрібні королеві, сила ж їхня лякала польське панство, й через те король передав тільки через посланців Сагайдачному трохи грошей на лікаря, щоб гоїти його рану; волю ж свою з приводу козацьких домагань обіцяв передати через комісарів. Після того, як Сагайдачний розпустив козаків і повернувся в Київ, до нього прибули комісари й повідомили, що з волі короля військо козацьке має бути зменшене до двох, а найбільше до трьох тисяч; решта ж козаків має вернутися до своїх панів у підданство; що ж до віри, то, мовляв, козакам, як і досі, не було ніякої кривди, то так і надалі не буде…
Така лиха звістка од короля тяжко вразила недужого, з раною, гетьмана. Всі його надії на піднесення українського національного життя шляхом миру та згоди з польським урядом, разом із мріями про те, що Польща колись гляне на Україну, як на свою сестру, в прах розвіялися. Він зрозумів, що кров козаків і його власна кров, пролита за Польщу, тільки зміцнила ворога козацтва. Розкраяним своїм серцем він почав передчувати свою смерть од рани, добутої на війні не за рідний край, а за щастя недругів свого народу, і в останній день життя душу гетьмана охопила туга за покривджену Україну.