Щоб зміцнити своє становище, Виговський на початку лютого 1658 року в присутності царського посланця скликав у Переяславі раду вже з участю усіх козаків та простого люду, опріч Полтавського полку й запорожців, що ставилися до нього вороже. На тій раді його знову-таки обрали гетьманом, та тільки за те, щоб дістати царське затвердження, він змушений був згодитись поставити в деяких українських містах російських воєвод.
Незадоволений обмеженням гетьманських прав, Іван Виговський поквапився піти на змову з Польщею, а сам вирушив із військом на Пушкаря. Бої між козаками точились із 18 травня аж до 7 червня; перемагали то ті, то інші, але зрештою запорожці зі своїм полковником Бара-башем покинули Пушкаря, і той зазнав поразки і навіть загинув у битві.
Незабаром після того, 6 вересня 1658 року, в Гадячі Виговський підписав умови згоди з Польщею, за якою з воєводств Київського, Чернігівського та Брацлавського складалося “Велике Князівство Руське”, зі своїм військом, судом та православною вірою; керувати ж тим князівством мав обраний всіма станами гетьман.
Запорожці, хоч і дістали од Виговського повідомлення про ту умову, та не хотіли й чути ні про яку згоду з поляками, бо вже зневірилися у їхніх обіцянках.
ІВАН СІРКО
У той час великий вплив на запорожців мав полковник Війська Запорозького Іван Сірко. Родом він був із села Мерефи, що на Слобідській Україні, й хоча не мав освіти, зате уславився поміж товариством надзвичайним войовничим хистом, певним лицарством і завзятим обстоюванням козацької волі та стародавніх запорозьких звичаїв.
Ступаючи стежкою Богдана Хмельницького, Сірко завжди боровся за протекторат російського царя, але з умовою забезпечення цілковитого самоврядування України;
і в ті часи, коли російський уряд порушував Переяславську угоду з Богданом Хмельницьким, він завжди відверто обстоював козацтво, й це часом доходило навіть до збройної боротьби. Запеклий ворог бусурманів, Сірко все своє життя воював із ними і був ворогом усіх тих українських гетьманів, які шукали спілки з татарами або турками. Разом із тим він вороже ставився й до Польщі, пам'ятаючи нечувані вчинки Потоцького й Чарнецького.
Ставши року 1659-го кошовим отаманом Війська Запорозького, Іван Сірко зі зброєю виступив проти Виговського, бо спілка гетьмана з королем, на думку кошового, мала знову затягти Україну в польське ярмо. Через такі погляди запорожці разом із полковником Пушкарем зчинили перший розбрат і колотнечу на Україні, що з часом привело її до цілковитої руїни. Після смерті Пушкаря запорожці вийшли із Січі й, прилучившись до російського війська князя Ромодановського, допомагали йому нищити українські міста Ромни, Пирятин, Чорнухи, Горошин та інші, що стояли за Виговського. Проте з деяких причин вони невдовзі схаменулись і пішли од Ромодановського на Січ.
На початку року 1659-го російське військо обложило в Конотопі полковника Гуляницького, прихильника Виговського. Почувши про це, гетьман як спільник короля покликав на поміч татар, напав із козаками й татарами на росіян і так їх погромив, що навіть воєвод, привідців війська, забрав у полон і віддав татарам у неволю.
Та, незважаючи на блискучу перемогу Виговського, українські козаки, побачивши поруч свого гетьмана поляків і татар, одсахнулися від нього й перестали слухатися, кажучи, що Виговський знову продав Україну ляхам. Одночасно з тим сила гетьмана зменшилась од того, що Сірко із запорожцями якраз напав на Крим і там змусив татар покинути Виговського та повернутися до своїх кочовищ.
Прийшовши з походу на Крим, Сірко вирушив із запорожцями в Київ, щоб там з'єднатися з російським військом, яке воювало проти Виговського. Гетьман, довідавшись про те, послав навперейми йому полковника Тимоша, та Сірко Тимоша розбив, і той ледве врятувався.
Як тільки запорожці із Сірком з'явилися на Правобережжі, рух проти Виговського перекинувся й туди; й Сірко, скориставшись із того, об'єднався в Умані з полковником Ханенком та й оголосив Виговського зрадником, а на гетьманство підмовив козаків обрати того, кого українська старшина хотіла ще до смерті Богдана Хмельницького, а саме — його сина Юраська.
Гетьманом стає Хмельниченко. З Умані разом з усіма козаками, що повстали проти Виговського, Сірко почав наступати на нього, і з початку вересня 1659 року обидва козацькі війська зблизилися біля села Германівки. Тут Виговського покинули останні козаки, які ще були при ньому, і він лишився із самими поляками та найманим військом. Зрозумівши, що програв, Виговський не захотів далі проливати марно козацьку кров і сам одіслав клейноди Хмельниченку й зрікся гетьманства.
Ставши гетьманом, Юрась Хмельниченко під впливом Сірка послав полковника Петра Дорошенка сказати начальникові російського війська на Україні Трубецькому, що вся Україна хоче бути під протекцією царя тільки з умовою щоб в українських містах не було російських воєвод ніде крім Києва. Таким чином, нове об'єднання України з Польщею після смерті Богдана Хмельницького розбили виключно запорожці зі своїм жвавим кошовим отаманом Сірком.
Князь Трубецькой, замість одповіді на умови нового прилучення України до російської держави, закликав Хмельницького разом із козацькою старшиною у Переяслав, де стояло російське військо, з тим, щоб зібрати там раду і поставити наново гетьмана. Обрали таки Хмельницького, але йому довелося погодитись на те, щоб російські воєводи, крім Києва, перебували ще у Переяславі, Ніжині, Чернігові, Брацлаві та Умані.
Угода Хмельниченка з російським урядом стала причиною нової війни між Польщею й Росією. Польський король Ян Казимир, знайшоши спілку з кримським ханом, вирушив із великим військом на Білу Русь; татари ж наскочили на Правобережну Україну й, захопивши понад 20 000 ясиру, погнали його в Крим. Не встигши заступити татарам шлях, запорожці під проводом Сірка вистежили їх, коли ті перебирались через Дніпро біля устя річки Самари, й на піскуватих кучугурах Кінського острова року 1660-го, біля теперішнього села І грені, вирізали багато татар і визволили майже всіх українських невольників.
Після того запорожці самі напали на татарські землі. Половина Запорозького Війська, під проводом Брюховецького, здобула Аслам-город, який турки поновили за останні роки, й поруйнувала; друга ж половина із Сірком ходила під Очаків і, пошарпавши його околиці, взяла чимало бранців.
Року 1661-го, воюючи проти Польщі, на Правобережжя прийшло російське військо під проводом Шереметева. Проминувши Київщину, воно подалося на Любар, сподіваючись дістати поміч од гетьмана Хмельниченка з козацьким військом. Проте старшина, незадоволена останніми переяславськими умовами, не квапилася допомагати Шереметєву й не допустила Хмельницького до з'єднання з ним. Поляки ж разом із татарами тим часом напали на росіян і, розбивши їх, оточили біля Чудинова з усіх боків.
Лютуючи на Хмельницького, Шереметєв відкупився від полону тим, що видав татарам у неволю всіх козаків, які були при ньому, хоч ті нічого й не знали про події в козацькому війську. Такий вчинок Шереметєва дуже обурив козацьку старшину і всіх козаків Хмельниченка, і коли поляки й татари почали наступати на козацький табір — не захотіли битися з далеко дужчим ворогом й піддалися полякам на гадяцьких умовах з деякими обмеженнями.
Запорожці під час цих подіій стояли із Сірком на устях Бугу, підстерігаючи там татар); участі у війні з поляками не брали. Проте згода Юрася Хмельниченка з поляками викликала у запорожців велике невдоволення, бо вони не бажали визнати польську зверхність. Військо Запорозьке прагнуло бачити Україну вільною й ні од кого не залежною, і під впливом запорожців по всій Україні того ж року зчинилась колотнеча. На Правобережжя, згідно з умовою з Хмельниченком, почали вертатися польські пани, одби-раючи у селян свої маєтності та привласнюючи собі поспільство; народ же не хотів лізти в ярмо і проганяв поляків, знищуючи їх, де міг. На Лівобережжі козаки, не задоволені російськими воєводамм, намагалися позбутися їх. На обох берегах Дніпра населення поривалося до волі, добутої річками пролитої кроіві, та тільки й там і тут обставини не сприяли тому.