У червні року 1663-го біля Ніжина одбулася велика рада з участю простого козацтва й запорожців, і на тій раді гетьманом України було обрано Брюховецького, причому запорожці разом із черню зчинили погром козацької старшини і взагалі панства. Сомкові, який віддався під оборону російського посланця, було стято голову.
Тим часом Іван Сірко, обраний після Брюховецького знову кошовим отаманом, серед літа року 1663-го, пам'ятаючи одвічну мету козацтва — боротьбу з бусурманами, вирядив частину Війська Запорозького байдаками на Чорне море. Запорожці випливли повз Очаків на Дунайські гирла й добре пошарпали придунайські міста, та коли верталися додому, їм трапилася пригода. В лимані вони натрапили на турецький флот і билися з ним аж три дні, та, не маючи сили перемогти турків, змушені були викинути в море свою здобич і тікати на берег. Потопивши біля Дніпрових гирл свої байдаки, запорожці, одбиваючись од татар, пішки прибули 21 вересня на Січ.
Тоді на Січі вже стояла російська залога з боярином Косоговим на чолі. Послана вона була на Запорожжя російським урядом весною ж 1663 року почасти для того, щоб допомагати запорожцям у боротьбі з татарами, почасти ж, щоб стежити за розпорядками Війська й тримати його в покорі й вірності. Сірко вирішив скористатись російською залогою і, щоб оддячити бусурманам за невдалий похід на море, вирушив восени того ж року, разом із Косоговим, на Перекоп.
Все Перекопське межигір'я Сірко застав перекопаним од Чорного до Азовського моря глибокими рівчаками. Та це не спинило завзятого козацького ватажка — він перейшов за той рівчак біля Чорного моря, вдарив на Перекоп із тилу, здобув і поруйнував більшу його половину, відбився од Нуреддина-султана, що прийшов на поміч, і 16 жовтня повернувся на Січ.
БОРОТЬБА СІРКА З ГЕТЬМАНОМ ТЕТЕРЕЮ И ЧАРНЕЦЬКИМ
Невдовзі прибули на Січ посланці гетьмана Тетері з листами, в яких він умовляв запорожців згадати, що зверхником козацьким із дідів-прадідів був польський король і що тільки на боці Польщі Україна може зберегти свої права й звичаї. Коли на козацькій раді в Січі читалися ті листи, то голоси запорожців поділилися: чимало козаків ставало на бік короля, а все-таки велика більшість запорожців ще не забула польської неправди та вчинків Чар-нецького й не хотіла й слухати про польську зверхність. Скінчилося на тому, що рада ухвалила лишитися під протекцією царя, й Сірко одіслав Брюховецькому листи Тетері.
З початком року 1664-го король польський Ян Казимир вийшов на Лівобережжя з військом, щоб одібрати Україну збройною рукою од російського царя. Діставши про те звістку, кошовий отаман Сірко послав частину запорожців із полковником Чугуєм на поміч Брюховецькому; сам же, з останнім військом, пішов за Буг, щоб не дати татарам прийти на поміч полякам. Біля Бендер запорожці поруйнували й пошарпали чимало татарських сіл, а потім стали виганяти поляків та жидів з українських міст і визволили од польських залог Брацлав, Кальник, Могилів, Рашків, Умань, Смілу й інші міста південної України.
На Лівобережжі тим часом царське військо та козацькі полки з Брюховецьким розгромили польського короля й загнали його за Десну. Після тієї перемоги Брюховецький перейшов на правий бік Дніпра і хотів захопити Чигирин, а тут на поміч Тетері наспів запеклий ворог українського люду Степан Чарнецький із польським військом та кількома тисячами татар і розбив Брюховецького так, що той мусив відступати до Черкас.
На поміч Брюховецькому саме тоді йшов Сірко із запорожцями, та спізнився, і Чарнецький, одігнавши од Чигирина Брюховецького, рушив назустріч Сіркові. Біля Бужина, що вище Крилева, між запорожцями й поляками спалахнув кривавий бій: запорожці не подужали значної сили Чарнецького й Тетері, а проте пробилися повз вороже військо й подалися понад Дніпром до Черкас, щоб з'єднатися із Брюховецьким; Чарнецький же, переслідуючи їх, побував на батьківщині Богдана Хмельницького в Суботові, знищив те місто, викопавши з домовини кістяки гетьмана Богдана та сина його Тимоша, спалив їх, а попіл розвіяв по вітру. Ця ганебна для поляків подія сталася на великодні свята 1664 року.
Становище Правобережної України щодалі ставало ще тяжчим: російська держава намагалася вернути її під свою владу, Польща — під свою, й обидві руйнували й палили українські міста й села, де сиділи ворожі залоги. До того ж, Польща, не сподіваючись на власне військо, закликала собі на поміч татар і, замість грошової плати за їхню службу, дозволяла своїм спільникам забирати не покірливий їй люд у неволю.
Чарнецький, ганяючись із татарами і поляками за Сірком, обложив місто Черкаси, та не зміг його взяти й одійшов геть: почувши ж, що Сірко із запорожцями перебрався до Сміли, обступив це місто з великою силою і почав його штурмувати. Сірко кілька разів відбивав атаки поляків, а потім потай із частиною запорожців проник у Капустяну долину, де стояв татарський табір, і так розгромив татар, що ті навіть покинули йому весь свій скарб і обоз.
Після того Сірко із запорожцями ще кілька місяців крутився по всій Україні, вишукуючи татарські загони та знищуючи їх. Найславніші для запорожців та Сірка битви з татарами були під Городищем, за 25 верст од Корсуня, та неподалік Умані, де Сірко упень розбив польських спільників. Поєднавшись після того з кількома правобережними полковниками, що під впливом Війська Запорозького зреклися Тетері, Сірко пішов на Чарнецького, який перебував із військом у Корсуні, маючи на думці оддячити йому за ганебний вчинок із прахом Богдана Хмельницького; та Чарнецький не наважився зчепитись із Сірком і відступив до Брацлава.
РОЗЧАРУВАННЯ ЗАПОРОЖЦІВ У БРЮХОВЕЦЬКОМУ
У серпні почалося зневір'я й розчарування запорожців у своєму ставленику Брюховецькому. До запорожців дійшла звістка, що Брюховецький листується з кримським ханом про згоду, і це дуже не сподобалося січовикам і їхньому кошовому Сірку. Брюховецький зраджував ідеї боротьби з бусурманами, а через те запорожці побили його й на вимоги російського уряду прилучитися Сіркові із запорожцями до Брюховецького кошовий написав самому цареві, що більше не йме віри Брюховецькому, не хоче бути з ним у спілці. Незважаючи навіть на повідомлення про те, що Брюховецький справді листується з кримським ханом із відома царя, запорожці не захотіли надалі воювати на боці Брюховецького й разом із Сірком повернулися на Січ.
Ще дужче розчарувалися запорожці, коли довідалися, що їхній ставленик ще гірше, ніж попередні гетьмани, забирає собі у власність грунти, скарби й маєтки і так само повертає в неволю селян, як це колись чинили польські пани. Нарешті року 1665-го до Січі надійшла неймовірна, з погляду запорожців, звістка про те, що Брюховецький поїхав до Москви, одружився там із московською бояринею, княжною Довгорукою, і навіть сам став царським боярином. Врешті на Січі довідалися, що Брюховецький під час перебування у Москві подав прохання, неначебто од усієї української старшини й козаків, про те, щоб у всіх українських містах, навіть на Запорожжі, у Кодаку та в Січі, були російські воєводи і саме мито з українських людей та міст вони збирали до російської казни.
Не встигли долинути до Січі такі чутки, як на Запорожжя, справді, прибув боярин Хитрово, а другий боярин поїхав до Кодака. Кошовим отаманом Війська Запорозького на той час був Шкура. Коли з'явився Хитрово, він розгубився й не знав, на яку ступити. Запорозьких козаків це обурило й, зібравшись на раду, вони скинули Шкуру з отаманства, проголосили Брюховецького зрадником рідного краю і послали в Кодак полк війська.
Запорожці признають гетьманом Дорошенка. Обраний на Покрову року 1665-го гетьманом Правобережної України Петро Дорошенко звернувся до запорозького коша з проханням признати його гетьманом й обернути до нього свою ласку і приязнь, як колись до “славнопокійного Богдана Хмельницького”.
Петро Дорошенко був онуком гетьмана Війська Запорозького Михайла Дорошенка, згадки про котрого, як про доброго козака й правдивого лицаря, ще жили поміж запорожцями. Весь рід Дорошенків походив із Чигирина, і його добре знали вс:і козаки; сам же Петро Дорошенко під час гетьманування; Богдана Хмельницького й Виговського здобув собі помі.ж козаками неабияку славу, а за войовничий хист та розіум був призначений Богданом прилуцьким, а далі — черкаським полковником; за гетьманування ж Тетері він служив у нього генеральним осавулом. За своїми поглядами та думками Дорошенко був правдивим запорозьким лиїдарем. Він один з-поміж козацької старшини після Богдаїна Хмельницького ще не впав у себелюбство, бажав зберегти автономні права України і за щастя рідного краю ладен був зректися своєї особистої долі. Од часів великого повстання за 17 років Дорошенко упевнивсь у тому, що з Польщею більш не може бути згоди, бо українці й поляки на смерть зненавиділи один одного. Московські звичаї й московські люди здавалися йому ще чужішими, ніж: польські; домагання ж російського уряду, щоб у всіх містах України правили воєводи, вже й зовсім йому не подобалися. Разом із тим Дорошенко знав, що під турецькою зверхністю Молдова й Волощина мають самоврядування, держать своє власне військо, суд, казну, звичаї й віру. Все це схилило його до думки, начебто єдиний засіб для України вдержати свої права — це віддатися під протекцію турецького султана.