Спільники змушені були повертати назад, а щоб татар все-таки брав острах, Голіцин послав 20000 стрільців, а гетьман 20 000 козаків на західний бік Дніпра штурмувати разом із запорожцями Кизикермен.
Головне російське й українське військо, простуючи після того східним берегом Дніпра, на початку липня прибуло до Самари й почало переходити мостами на північний берег. Тут сталася несподівана й дивна пригода. Козаки ледве встигли переправитися, як з дванадцяти мостів спалахнуло і згоріло десять, і Голіцину довелося зводити нову переправу.
З того випадку скористалася козацька старшина, що ненавиділа Самойловича, й написала Голіцину доноса, ніби мости спалені через зраду гетьмана. Голіцин повідомив про те Москву, й через два тижні Самойловича скинули з гетьманського уряду й одвезли до Москви. Згодом його заслали в Сибір, де він і помер у Тобольську; величезні ж його маєтності й багатства були поділені між казною російської держави та скарбницею нового гетьмана.
Скинувши Самойловича, князь Голіцин тут же, у поході, біля річки Коломака, скликав 25 липня 1687 року козацьку раду, яка обрала гетьманом генерального осавула Івана Мазепу. Не можна сказати, щоб це робилося “вільними голосами”. Мазепа не уславився ще ні як вояка, ні як добрий товариш, він тільки був дуже заможний та лукавий і, як згодом він сам хвалився цареві Петру, дав за обрання на гетьманський уряд князю Голіцину 11 000 карбованців та добрі дарунки.
ЗРАДА МАЗЕПОЮ ВІЙСЬКА ЗАПОРОЗЬКОГО
Зі свого боку Мазепа, щоб догодити Голіцину й цареві Петру, в перший же день свого гетьманування згодився на порушення вольностей запорозьких, а саме на те, щоб на запорозьких землях, по річках Орелі й Самарі та на устях Орчика й Берестової, були побудовані фортеці, до яких Військо Запорозьке не сміло б доторкатися, та ще щоб до кінця війни Росії з Кримом запорожці не мали права торгувати з татарами й примирятися з ними.
Сповіщаючи 12 вересня кошового отамана Війська Запорозького Грицька Сагайдачного про затвердження на гетьманський уряд Мазепи, царі Іоанн та Петро подарували Запорозькому Війську прибутки з Переволочанського перевозу.
Раділи козаки, що Самойловича не стало й, щоб жити з Мазепою у згоді, послали йому привітання з обранням і висловили йому бажання “багато літ гетьманувати на користь неньці-Україні і не херхелювати на згубу Війська Запорозького, як почав було херхелювати зрадник Попович”. .
Тільки даремні були надії запорожців: Мазепа, хоч і був родом з української шляхти, та освіту й виховання дістав у Польщі, бо ще хлопцем опинився на королівському дворі, й хоч потім близько стояв до Дорошенка, та, проте, радий був служити всякому, на чийому боці сила; і коли побачив, що Самойлович сидить на гетьманстві міцніше за Дорошенка, він перейшов на його бік. Вихований далеко від простого люду, Мазепа не вмів дбати про його права й потреби, а разом із тим залишався байдужий і до вольностей Війська Запорозького.
Ще за Самойловича почалося загарбання українських земель військовою старшиною та російськими воєводами; за Мазепи ж це розтягання досягло найбільшої сили.
Спочатку Мазепа роздавав вільні землі, далі — одібрані від польських магнатів; коли ж не стало вже порожніх грунтів, він став роздавати старшині й ті наділи, на яких сиділи селяни, причому вони переходили в підданство української військової старшини.
Російський уряд охоче затверджував таке розділення земель та поневолення українського селянства, бо це наближало лад Гетьманщини до устрою Великороси й, до того ж, сіяло розбрат між українською старшиною й простим людом.
Згодом, коли вже й селянські землі були поділені між старшиною, дійшла черга й до козачих грунтів; і для того, щоб оддати комусь їх, то козаки, які жили на них, повертали в поспільство, доводячи всілякими кривдами, що вони були не природжені козаки, а здобули козацтво сваволею. Таким чином, гетьман разом із старшиною сам собі копав яму, бо поспільство, а почасти й козаки, почали вважати і його й старшину за своїх ворогів і шукали заступництва від своєї старшини в московських урядовців, яким це було дуже бажане, бо зменшувало вплив української старшини на людність.
Скориставшись пригнобленням народу на Гетьманщині, король Ян Собеський став закликати селян і козаків з Лівобережної України на Правобережну, поновив там козаччину й надав права козацьких полковників: у Корсуні — Іскрі, в Богуславі — Самусю, на Побужжі — Абазіну й у Фастові — Палію. Колишні виселенці з Київщини й Чигиринщини тисячами посунули тепер із Лівобережжя, а найбільше з полків Гадяцького, Лубенського й Миргородського, назад на Правобережну Україну й разом із переселенцями з Волині й Поділля враз залюднювали ситі й веселі грунти Київщини. До року 1683-го Правобережна Україна вже добре заселилася, а козацтво набуло в ній чималої сили. Польща втішалася з того, та тільки недовго, бо водночас із тим, як козацтво зміцнювалося, зростала й нехіть його бути під владою Польщі.
На Запорожжі після смерті Івана Сірка почався занепад. Мляві отамани, скоряючись російському урядові та Бахчисарайській згоді, дозволили туркам збудувати на низу Дніпра дуже міцні фортеці, й, тепер одірвані од моря, запорожці зовсім забули про свої колись славні морські походи. Військо Запорозьке не наважувалося воювати самостійно, як виступав Сірко, а ходило в походи тільки за наказом із Москви, неначеб другорядне російське військо; коли ж у році 1687-му запорожців покликали воювати проти татар, так як вони хочуть, і кошовий отаман Грицько Сагайдачний над осінь того ж року пішов на Кизикермен і Аслам-город, то такий похід мало додав запорожцям слави; користі ж вони не мали зовсім, а на початку січня 1688 року татари самі підступили до Січі й три дні добували її, хоч так само, як і запорожці, залишилися ні з чим.
Маючи на думці гнати татар і віддячити їм за напад, Сагайдачний звернувся до Мазепи, щоб той прислав на потугу бодай 1000 козаків, але гетьман хоч і обіцяв, та нічим не допоміг, і новий похід Сагайдачного не відбувся.
Незадоволені Мазепою за пригнічення посполитого люду, запорожці почали підбурювати до повстання проти нього та старшини селян у Лубенському та Миргородському полках. Мазепа зараз же надіслав про це свого доноса до Москви й дістав од російського уряду наказ зброєю приборкати запорожців. Врешті до цього не дійшло, бо напровесні січовики самі вийшли з Гетьманщини.
САМАРСЬКІ РОСІЙСЬКІ ГОРОДКИ
Занепад Запорожжя російський уряд вирішив використати з тим, щоб здійснити умову з Мазепою, і звелів йому, не гаючись, збудувати біля устя річки Самари, на північному її березі, Новобогородську фортецю проти татар і запорожців. Почувши про те, запорожці захвилювалися й спочатку хотіли, було, зброєю обороняти свої віковічні Самарські ліси й пасіки і не дозволяти московської будівлі, та тільки коли Мазепа прийшов до Самари з 20000 козацького війська та 10000 московських стрільців, січовики обмежилися тим, що послали царівні Софії скаргу про порушення їхніх вольностей і, затаївши в своєму серці образу, скорилися.
Спорудження Новобогородської фортеці почалося в березні 1688 року, й, поки воно тяглося, на Січі відбулося кілька бурхливих рад, і на одній із них Грицька Сагайдачного було скинуто з кошевства, а на його місце обрано вдруге Хвилона Лихопоя; та тільки й той протримався недовго, бо восени того ж року замість нього запорожці поставили кошовим Івана Гусака, що перед тим уславився, хоч і дрібними, та щасливими сутичками з татарами.
У серпні 1688 року Новобогородська фортеця була збудована, і там засіла московська залога з комендантом Косоговим; біля окопів було розташовано посад кількістю в 1000 родин. Ті новопоселенці разом із московськими людьми захопили всі запорозькі пасіки, що містилися по лісах над Самарою; вирубували ліси й чинили запорожцям, а найбільше запорозькому Самарському монастиреві всякі шкоди, й через те запорожці завжди вважали будівництво Новобогородської фортеці тяжкою й найбільшою собі кривдою й образою, але, не маючи сили стати на перешкоді, раз у раз дорікали Мазепі за те, що допустив до того.