Після того Татари напали на Опариних козаків і почали стреляти та однимати конї. Битва тягла ся до ночі, а вранці Татари виступили перед Опарину ватагу й закричали: козаки! Хочете взяти собі за гетьмана Петра Дорошенка? Як візьмете його, то ми не будемо вас зачіпати. Козаки зібрались на раду і згодились прийняти за гетьмана Дорошенка. Дорошенко був внук Михайла Дорошенка, котрий був гетьманом. Він родив ся в Чигирині. Ще за Богдана Хмельницького він був полковником прилуцьким, потім черкаським, а за Тетері він був генеральним осаулом. Вибравши Дорошенка гетьманом, Опарина ватага козаків присягнула королеві в вірности і ханові – в приятельстві. Дорошенка вибрали 1665 року, і він зараз оповістив себе прихильником Татар та Турок і почав одбивати городи, забрані Бруховецьким. Він напав на Брацлав, де сидїв полковник Дрозд, вірний Москві та Бруховецькому, а Дорошенкові козаки набігли під самий Київ, на Мотовилівку. Наказний гетьман, переяславський полковник Єрмоленко писав до царя і просив, як можна скоріше пустити гетьмана на Україну.
Зимою, з самого початку 1666 року Бруховецький вернув ся на Україну. Цо Українї пройшла чутка про пункти гетьманської умови з царем. Та умова не подобала ся нї духовеньству, нї козакам, нї городянам, нї Запорожцям.
Перший підняв голос проти гетьмана його давний приятель архиерей Методий з київським духовенством. Методий 22-го лютого, 1666. року, з печерським архимандритом, з ігуменами манастирів прийшов до московського воєводи Петра Шереметєва, що тодї сидїв в Київі і просив, щоб він дозволив подати до царя просьбу, щоб цар не однимав од духовенства давних прав та вольностей. Методий говорив, що київське духовенство просило Бруховецького дозволити вибрати митрополїта в Київі по старому звичаю, вольними голосами од духовенства, городян і козаків, а гетьман одписав, що в Київ цар пришле митрополїта з Москви. Методий говорив горяче, розпалив ся, а далї сказав: Як тільки цар не дозволить нам вибрати митрополїта вольними голосами з українських архиєреїв та пришле з Москви готового, то ми запремо ся в манастирях і хиба нас виволочуть звідтіль за шию та за ноги, тодї тільки буде в Київі московський митрополїт. От в Смоленському наставили з Москви архиєрея Филарета, а він уже пооднимав вольности од духовеньства і зве Смольнян неправославними, иновірцями«. Шереметев заспокоїв духовенство, але воно вже стало проти гетьмана за те, що він, на свою користь, поступив ся цареві правами духовеньства. І справді Бруховецький почав однимати од манастирів маєтности й землї. В мартї київське духовенство послало в Москву ігумена Мелетия Дзіка просити в царя дозволу, вибрати собі митрополїта вольними голосами. Цар сказав, що він послав лист в Цареград, спитати про се дїло патриярха. Раз на обідї в Лаврі Методий і всї духовні, при московському бояринові прямо сказали, що вони не приймуть митрополїта з Москви, що Бруховецький їх лютий ворог і їм непотрібний, бо він забрав тепер всю власть в свої руки. Давні приятелї, Методий та гетьман тепер стали ворогами і писали обидва листи до царя та обговорювали один другого.
Разом з духовенством не злюбили Бруховецького городяни-міщани. Бруховецький хотїв одняти од міщан їх вольности і наговорював на їх перед царем, що через ті вольности міщани тягнуть до Польщі. Міщани повинні були давати кватирі для московського війська, а гетьман приказував міщанам давати кватирі й козакам. Міщани тепер мусїли платити податки в царський скарб. В городи наїхали московські цєловальники і збірали з міщан податки для царя, а козаки брали з їх збори і в гетьманський скарб, видирали силою. Московський воєвода Шереметев, довідавшись, що козаки збірають гроші з міщан в гетьманський скарб, написав до його і велїв йому не зачіпати міщан. В Переяславі Грек Іван Тамара збірав на перевозі плату з проїзжачих людий для гетьманів. Тепер московський воєвода Шереметєв звелїв Тамарі збірати плату для царя. Тамара зібрав пятьсот карбованців і хотїв одвезти гроші в Київ і подати через Шереметєва в Москву, а Бруховецький звелїв йому привезти гроші до себе в Гадяч та ще й не пятьсот, а тисячу карбованців і наказував, як тільки Тамара не привезе йому гроший, то він йому голову зітне. Козаки однимали од міщан млини, брали з їх підводи, а Москалї і собі забірали од їх підводи. Міщанам стало дуже важко. Городи стали проти гетьмана.
Як тільки Бруховецький вернув ся з Москви боярином, на його почали гримати й козаки. Бруховецький, вернувшись на Україну московським боярином, став гордий до козаків, недоступний. Тепер козаки вже не вибирали полковників вольними голосами, як було попереду. Бруховецький сам сажав полковників, неначе цар, сажав людий до себе прихильних, а неприхильних скидав самоправно з місця, забивав в кайдани та кидав в тюрму. Ще в Москві він спровадив писаря Шийкевича в Сібір. Тепер він покарав суддю Юрия Незамая за те, що він видав пашпорт на виїзд з Канева пяти жінкам неприхильних до гетьмана козаків. Гетьман побив Незамая, забив в кайдани і одіслав в Москву, звідкіль цар вислав його в город Казань,
Потім посадив в тюрму нелюбого для себе полковника Гамалїю, Децика. Козаки кричали, що до сього часу між козаками не було бояр та дворян, а тепер, як настали бояри та дворяни, козаки теряють свої давні вольности. Ті полковники, що добули собі в Москві дворянство, соромились і боялись звати ся дворянами. Переяславський полковник-дворянин, Єрмоленко сказав на рбідї при всіх, навіть при московських людях:»Менї дворянства не потрібно! Я по стародавньому козак«. Козаки в Переяславі кричали:»Ходїм на Запорожжя! зберемо ся всї та й ударимо з Сїчі на гетьмана«.
Бруховецький побачив, що вийшло погано і писав до царя, щоб він прислав ще більше московського війська на Україну: він думав через те військо вдержатись на гетьманстві. А тут почали прибувати на Україну московські воєводи з московським військом. Окрім Київа, воєводи сїли в Прилуках, Лубнах, Гадячі, Миргороді, Полтаві, Батуринї, Глухові, Сосницї, Новгороді-Сїверському, Стародубі. Московське військо лило ся на Україну, як колись польске. Разом з воєводами наїхали з Москви урядники і почали переписувати всїх людий в городах і в селах: записували землї, млини, лїси, заводи, пасїки і все обкладали податками для царя. Московські воєводи грубо обходились з козаками і з міщанами, обдирали їх, лаялись паскудними словами, безчестили молодиць та дївчат, били козаків палицями. Сам Бруховецький жалїв ся в Москву, що переяславський воєвода Вердеревський бив його зятя, Михієнка, посадив без вини, в тюрму, гетьманським людям не дав косити сїна. В Полтаві московський воєвода Хитрово ставив Москалїв в козацьких хатах, лаяв козацького полковника і його жінку паскудними словами, козаків бив палицею, вибивав їм очі, плював в лице, випихав в шию, безчестив дївчат. Козаки кидали козаковання і приписувались в міщан.
На Українї схопилось проти воєвод повстання. Поперед усього в Переяславі. Якийсь чоловік в Переяславі, Петрушка Челюсткин, родом москвин, але давно живучий в Переяславі змовив ся з козаками вирізати всїх московських людий. Бруховецький дізнав ся про се і звелїв закувати Петрушку в кайдани і одіслати в Москву. Швидко після того, літом, як полковник Єрмоленко стояв з своїм полком в слободі Богушкові, його полк збунтував ся: козаки вбили Єрмоленка, пішли в Переяслав, вирізали московське військо і запалили половину города. Бруховецький сидїв тодї в Гадячі. Він дав знати в Київ воєводї Шереметєву і обидва вони разом, з Київа та з Гадяча, рушили на Переяслав і задавили бунт. Ватажків повстання вхопили і постинали голови одним в Київі в Шереметєва, другим в Гадячі, в гетьмана. Разом з тим за Днїпром декотрі городи Бруховецького передались до Польщі.
Тим часом проти Бруховецького та Москви піднимало ся і Запорожжя. В Сїчі ще й досї сидїв московський воєвода Касогов, той самий, що разом з Сїрком воював з Поляками. В його було пятьсот чоловік московського війська. Запорожці почули, що виробляють в українських городах воєводи з гетьманом і почали кричати, що вони готові пристати до Дорошенка і Татар. Вони зараз скинули з місця отамана Леська Шкуру за те, що він знав ся з московськими воєводами, Касоговим та Шереметєвим і вибрали отаманом Рога, московського ворога. Московський цар тимчасом послав уже московське військо в Кодак, невеличку твердиню на Днїпрі, з котрої можна було напасти на Сїч і держати запорожців в московських руках. Ріг написав до Бруховецького лист, в котрому він говорив, що запорожцям в Кодаку Москва непотрібна і що Бруховецькому не приходить ся дражнити запорожців, бо хоч він має царську ласку, але став гетьманом через запорожську ласку й поміч. Кошовий отаман заборонив козакам навіть ходити до Касогова і знати ся з ним. Касогов мусїв утікати з Сїчі, а Ріг послав запорожців в Кодак не пускати туди московського війська. Окрім того січовики послали двістї козаків на Україну, в Полтаву, щоб впіймати самого Бруховецького і підняти проти його Полтавцїв.