Розраховуючи на могутність Голицина, Мазепа всіма засобами старався догоджати йому доти, доки Петро в 1689 році не покінчив з правлінням Софії і не відправив Голицина в заслання. Мазепа приїхав випадково до столиці саме тоді, коли в Москві стався переворот, з наміром кланятися фаворитові, однак, вздрівши, що влада перемінилася, постарався якшвидше розірвати зв'язки з колишніми владцями і пристати до нових. Це йому вдалося. Мазепа почав просити від уряду того, чого якраз російський уряд і домагався в Малоросії, наприклад, збільшення числа своїх ратних людей, перепису козаків і приборкання народної сваволі. І до Петра особисто зумів піддобритися Мазепа. Молодий цар полюбив його і з того часу вважав його щиро відданим своїм слугою.
Протягом усього двадцятирічного гетьманства Мазепи в Малоросії нуртувала ненависть до нього з боку підлеглих, виявляючись то в тих, то в інших спробах позбавити його гетьманства. Чим довше тримав Мазепа гетьманську булаву, тим більше звикав малоруський народ вважати його людиною польського духу, ворогом корінних козацьких прагнень до рівності й до загальної волі; нехіть до Мазепи почала передусім виявлятися, за малоросійськими звичками, в доносах і підступах. У кінці 1689 року прибув у Польщу до короля Яна Собеського руський монах Соломон з листом від Мазепи, в якому малоросійський гетьман заявляв польському королю про бажання приєднати Малоросію знову до Польщі і спонукав до розпочину ворожнечі проти Росії. Слідом за тим із Запоріжжя приїхали до того ж короля посланці з пропозицією прийняти Запоріжжя в підданство Польщі. Завдячуючи одному православному придворному, котрий проживав у королівському палаці, про те й інше дізнався московський резидент у Варшаві Волков, а від Волкова дізналися про це і в Москві. Король послав Соломона на Україну, до гетьмана, без будь-якого листа, обнадіяти на словах щодо своєї милості, а між тим дав таємне доручення львівському православному єпископові Йосифу Шумлянському (8) вступити у зносини з Мазепою. Шумлянський направив до Мазепи шляхтича Доморацького з листом і просив через посланця оголосити, на яких Умовах бажає гетьман Малоросії вступити у підданство польській державі. Мазепа, одержавши лист Шумлянського, відправив цього листа і шляхтича, який його привіз, до Москви; Соломон же дізнався про це заздалегідь і не наважився вже з'являтися до гетьмана, а повернувся до Варшави, але щоб, як кажуть, не вдарити перед поляками лицем у грязюку, найняв дорогою в корчмі якогось студента і намовив його написати йому фальшивого листа від імені Мазепи. Переписаного начисто цього листа Соломон підписав сам, але чорнові заготовки листа забув забрати у студента. Трапилося так, що перш ніж Соломон доїхав до Варшави, студент, розгулявшись у корчмі на одержані від Соломона два таляри за своє мистецтво, відкрив таємницю випадковій п'яній компанії, а опісля його заарештували й привели до короля. Студент у всьому признався і віддав залишені йому чернетки листа, якого писано було від імені Мазепи. Коли Соломон, з'явившись до короля, подав йому листа від гетьмана Мазепи, король, знаючи уже все, звелів покликати студента й викрити Соломонів обман. Чернетки були в наявності; відпиратися було неможливо. Соломон у всьому признався, і його посадовили в тюрму, а потім, на вимогу російського резидента, видали московському урядові. У 1691 році його привезли до Москви, розстригли і під колишнім його мирським іменем Семена Дротського відправили до гетьмана в Батурин. Там його стратили. З усього видно, цей Соломон був знаряддям таємної партії, яка намагалася навести підозру на Мазепу в Москві й підготувати йому загибель.
Але ще коли московський уряд не мав у своїх руках Соломона і вимагав його видачі, у Києві було підкинуто анонімного листа, яким хтось застерігав російський уряд «від злого й оманливого Мазепи». Київський воєвода відправив цього листа в Москву, а з Москви його послали прямо в руки Мазепі з тим, щоб гетьман повідомив: чи не може, за своїми міркуваннями, здогадатися, хто б міг скласти такого листа? Мазепа вказав, як на головних своїх ворогів, на колишнього гадяцького полковника Самойловича, на зятя гетьмана Самойловича князя Юрія Четвертинського, на колишнього переяславського полковника Дмитрашку Райчу і на тодішнього переяславського полковника Леонтія Полуботка. На домагання гетьмана відставленого гадяцького полковника вивезли з його маєтку, який знаходився в Лебединському повіті, привезли до Москви, а потім заслали до Сибіру; туди ж заслали й Райчу; Юрія Четвертинського з дружиною і тещею переселили до Москви, Леонтій Полуботок позбувся посади полковника.
У Малоросії виник після того новий, більш діяльний ворог Мазепи і всієї панської партії. Це був канцелярист Петрик (9), жонатий на племінниці генерального писаря Василя Кочубея (10), людина заповзята, гаряча й діяльна, у всякому разі на початку. У 1691 році він утік на Січ з важливими паперами, викраденими з військової канцелярії і підбурював січових козаків водночас і проти гетьмана, і проти московської влади. Наступного 1692 року він подався в Крим і писав звідтіль на Запоріжжя, що має намір, за прикладом Хмельницького, привести кримців на Україну, підняти весь малоросійський народ і винищувати жидів-орендаторів, усіх панів і багатих людей. Звістка про такий замір проникла в Україну, одразу ж зустріла співчуття; завзятці рушили до Петрика: хто полем, а хто водою. Мазепа відправив на Запоріжжя козака Горбаченка з дарунками тодішньому кошовому Гусакові – переконувати його, щоб він не допускав запорожців приставати до Петрика, між тим збурення готове було виникнути не в Запоріжжі, а серед городового козацтва в малоросійських полках. «Ми сподівалися, – казали тоді малоросіяни, – що після Богдана Хмельницького народ християнський не буде вже в підданстві; бачимо, що, навпаки, тепер бідним людям гірше стало, ніж за ляхів було. Раніше підданців тримала у себе лише старшина, а тепер і такі, чиї батьки не тримали підданців, а їли свій трудовий хліб, примушують людей возити собі сіно й дрова, топити печі та чистити конюшні, москалі ж наших людей б'ють, крадуть малих дітей і вивозять до Москви». Найбільш нестерпними здавалися для народу «оранди» – продаж горілки, відданий у.руки жидам з виплатою за те у військову скарбницю. Горбаченко роздобув у Січі й потім, за гетьманським наказом, привіз до Москви угоду, яку уклав Петрик із кримським ханом. Із цієї угоди було видно Петрикові наміри визволити від чужоземців Україну по обидва боки Дніпра (названу ним князівством київським і чернігівським) і утворити з неї єдину державу під іменем князівства малоросійського. Помешканням пропонувалося встановити у себе таке врядування, яке виявиться їм прийнятним. У своєму універсалі, зверненому головним чином до січових козаків, Петрик згадував варварства, що їх завдали колись малоросійському народові поляки: «Не саджали хіба вони братів наших на палі, чи не топили в ополонках, чи не обливали водою на морозі, чи не примушували козацьких жінок варити в окропі своїх дітей?» Але, дорікаючи за такі жорстокості одним сусідам Малоросії, які володіли краєм раніше, не краще ставиться Петрик до інших сусідів: «Ненависні монархи, серед котрих ми живемо, – писав він, – як леви люті, пащі свої роззявивши, хочуть нас проковтнути, тобто поробити своїми невільниками». Він зазначав, що малоросійський народ, віддаючи ворогові на спалення свої міста й села, захищає собою Московську державу, а Москва на віддяку за те, хоче взяти усіх малоросів у вічну неволю. «Дозволили нинішньому гетьманові роздавати старшинам маєтності, старшини позаписували собі й дітям своїм у вічне володіння нашу братію і тільки що в плуги їх не запрягають, а вже як хочуть, так і крутять ними, наче невільниками своїми. Москва для того нашим старшинам це дозволила, щоб наші люди від такого утиску занепали і замірам їхнім не опиралися. Коли наші люди від таких тягот помужичаться, тоді Москва береги Дніпра й Самари обсадить своїми людьми». Очевидно, Петрик хотів повторити майже буквально історію Богдана Хмельницького. Але події буквально не повторюються. Хмельницькому справді вдалося почати свою справу із Запоріжжя, а потім перенести її в середовище городових козаків. Петрикові ж це зовсім не вдалося, хоча Петрик пішов було тим же шляхом. Запорожці до нього не пристали, окрім ватаги відчайдухів. В українських селах захвилювався було простий люд, посполита сірома. «Хай лише прийде Петрик із запорожцями, – казали селяни, – ми всі до нього пристанемо, переб'єм і старшин, і всіх жидів-орендаторів, і всіх своїх панів, щоб не було панів на Україні, а щоб усі були козаками». Так, можливо, і сталося б, якби з Петриком прибула, як з Хмельницьким, значна запорізька військова сила. Але Петрик, не схиливши запорожців, вступив в Україну із самими лише татарами, та й ті допомагали, йому не дуже охоче. Коли Петрик прибув до прикордонних українських міст по річці Орелі, – татари, які були з ним, зачули, що гетьман збирає полки і йде проти них; вони облишили Петрика і пішли геть, за ними подався і Петрик до Криму, а Мазепа, так дешево відбувшись від загрозливої бурі, одержав з Москви подяку і багату соболину шубу, вартістю 800 карбованців. Петрик продовжував ще деякий час турбувати Мазепу своїми підбурливими універсалами до малоросійського народу, вказуючи між іншим на оранди, як на найголовніший тягар для народу. Мазепа, усвідомлюючи це, зібрав у Батурині раду, запросив на неї, крім полковників, багато козаків та міщан і запитував: чи слід знищити оранди? Після тривалих суперечок рада порішила: на пробу, на один рік відмовитися від оранди і замінити доход від неї збором з тих людей, котрі, на підставі усім рівно наданого права, зачнуть варити горілку й утримувати шинки.