14 липня, рано-вранці, за багаточисленного зібрання козаків і малоросійського народу, Кочубею та Іскрі відтяли голови. Тіла їхні лежали на показ народові, поки не скінчилася обідня, а потім їх поклали в труни й відвезли до Києва. Там поховали їх липня 17, на подвір'ї Цечерського монастиря, поблизу трапезної церкви.
Дружину Кочубея ще раніше, коли Кочубей був у Вітебську, забрав посланець Мазепи, гадяцький полковник Трощинський, разом з дітьми й невісткою, дружиною її сина Василя, в Диканьці, і перевіз до Батурина у старий двір її чоловіка, а невістку, за наказом Мазепи, відпустили до її батьків, у котрих на той час перебував і її чоловік.
Дружину Кочубея деякий час тримали під пильною вартою; після страти чоловіка її відпустили.
Петро був глибоко переконаний у вірності йому Мазепи і гадав, безперечно, що звершив сувору, але цілком справедливу справу, скаравши донощиків, які замірялися звести наклепи перед царем на його вірного й випробуваного слугу.
Минуло літо; наближалася осінь. Цар дізнався, що Карл XII звернув на південь і наближається до Малоросії. За цими чутками Петро дав розпорядження, щоб гетьман ішов до великоросійського війська на з'єднання, а козацька кіннота переслідувала неприятеля ззаду і нападала на його обоз. Самого гетьмана цар бажав бачити начальником цієї кінноти під час її військових дій. Мазепа хотів ухилитися від такого доручення і в листі своєму до царя скаржився «на подагричні та хирагричні припадки»: жахливі болі заважають йому їхати верхи. Але Мазепа, крім того, написав цареві таке міркування: «Якщо я, особою моєю гетьманською, залишивши Україну, вирушу далеко, то вельми побоююся, щоб за той час внутрішнє серед тутешнього непостійного й малодушного народу не сталося збурення». Мазепа давав цареві такий відгук про весь малоросійський народ: «Я серед тутешніх не лише мало, але й нікого настільки вірного не маю, хто б серцем і душею, віддано й старанно вашій царській величності за такого випадку служив». Мовлене перегукувалося з тогочасними поглядами Петра, котрий і сам непокоївся, щоб прокламації Карла XII, розповсюджуючись по Малоросії, не викликали там бродіння умів. У жовтні Карл уже підходив до кордонів Малоросії; Шереметев та Меншиков з російським військом перебували поблизу Стародуба, готові зустрічати неприятеля, який ішов у Малоросію. Сам Петро, після перемоги під Лісним 30, готувався особисто йти до своєї армії. Головкін, за царським наказом, квапив гетьмана листами, спонукаючи йти до Стародуба зі своїми козаками на з'єднання з царськими силами. Мазепа ще раз намагався відбутися «хирагричною і головною хворобою та багатосправ'ям», а над усе посилався на загрозу хвилювань у Малоросії. «Вже тепер, – писав він до Меншикова, – по містах великими натовпами ходять п'яниці, селяни по корчмах з рушницями горілку силою беруть, бочки рубають і людей побивають. Із Лубен пишуть, що там гуляки, напившись награбованою горілкою, убили на смерть орендатора і старшину ледь не вбили. Заколот розтікається у Полтавському, Гадяцькому, Лубенському, Миргородському, Прилуцькому, Переяславському полках… Стародубський полковник пише, що в Стародубі шевці й кравці і весь чорний люд напали на дім тамтешнього війта з дрюками, відбили погріб, забрали закопані в землі вина й в інших дворах позабирали бочки з горілкою і, перепившись, побили до смерті п'ятдесятьох жидів. У Мглині сотника до смерті прибили і три дні в тюрмі тримали: якби товариші, козаки з його сотні, не визволили його, то не бути б йому живим; орендаторів хотіли перебити, але вони в ліс утекли. У Чернігівському полку син генерального осавула заледве втік од свавільників уночі зі своїм майном… У Гадячі гуляки та пияки вчинили напад на мій замок і хотіли вбити мого управителя і розграбувати мої пожитки, але міщани не допустили. Звідусюд пише мені городова старшина і просить допомоги проти бунтівників. Берегами Дніпра шастають ватаги, одна на 800, інша душ зо 1000, – усе це руські люди, а головне, донці. Над однією ватагою отаманом Перебийніс, а над іншою Молодець. Волоцюги як вода пливуть до них звідусюди, і якщо я з військом вирушу у Стародубський полк, то слід остерігатися, щоб ці негідники не вчинили часом нападу на міста. Та й з боку Січі не можна сказати, щоб було безпечно. З цих причин полковники й старшина полкова із сотниками не бажають походу до Стародуба, і хоча відкрито мені в очі не перечать монаршому указові, але поза очі ремствують на мене, що я веду їх у Стародубщину на цілковиту погибель їхніх жінок, дітей і маєтностей. Якщо навіть тепер, коли я в Україні з військом, волоцюги й голота зчиняють бунти, то що ж тоді, коли я з військом віддалюся? Почнуть чесних людей та пожитки їхні грабувати. Чи буде це на користь інтересам його царської величності?»
Одержавши такого листа від Мазепи, генерали й міністри скликали консиліум і вирішили, щоб гетьман призначив замість себе наказного гетьмана для захисту внутрішнього спокою України, а сам все-таки б ішов до головної армії.
Мазепі треба було на щось зважуватися: або, залишаючись вірним цареві, приєднатись до великоросійського війська, або ж перейти на бік шведського короля. У Малоросії стосовно зради існували дещо відмінні погляди від тих, які склалися в подальшому, коли ця країна тісніше примкнула до Росії. Край приєднався порівняно недавно, малоросіяни ще не звикли вважати Великоросію такою ж вітчизною, як і свою Малоросію. Простий люд – поспільство, щоправда, схилявся до монархічної влади, але це тому, що сподівався в ній знайти опору проти старшини і взагалі значного козацтва. За панування в народі старого прагнення всім вступати в козацтво, в монархічній владі вбачалося зрівняльне для всіх начало; через те завжди, тільки-но в Малоросії старшини починали задумувати щось усупереч монархічній владі, можна було сподіватися, що поспільство стане на бік останньої. У всіх значних укорінююся таке переконання, що малоросійський народ сам по собі, а московський також сам по собі, і за будь-яких обставин малорус повинен іти туди, де йому краще, хоча б від того «москалеві» було й гірше. Вже давно існувало побоювання, що рано чи пізно Москва викорінить козацтво, порушить усі так звані малоросійські права й вольності і постарається урівняти Малоросію із своїми великоруськими областями. Залізна Петрова рука вже почала відчуватися в Малоросії, хоча реформаторські заміри царя безпосередньо не налягали на цей край. Питання про те, що саме спонукало Мазепу перейти на бік Карла, не раз поставало перед істориками, і в наші часи склалася думка, що перехід Мазепи стався несподівано, під впливом того становища, в якому гетьманові доводилося вибирати те або інше. Якщо й раніше, у запалі обурення по відношенню до Москви, блукала в його голові, як і в головах старшин, думка про спілку з Карлом, то думка ця навряд чи здійснилася б, коли б Карл своїм просуванням у Малоросію не дав їй ходу. Досі Мазепа відбувався від вимог російського уряду своїми «хирагричними й подагричними» приступами, але далі відкручуватися не можна було, особливо після того, коли слідом за рішенням консиліуму, яке було повідомлене гетьманові, Меншиков написав йому, що потребує з ним побачення для наради. Мазепа скликав обозного Ломиковського, генерального писаря Орлика та інших старшин і полковників і запитував, що йому робити. «Не їдь, – сказав йому Ломиковський, – інакше ти й себе, і нас, і всю Україну занапастиш! Ми вже скільки разів просили тебе: посилай до Карла, а ти все зволікав і наче спав; тепер – ось війська великоросійські увійшли в Україну на всенародне розорення й кровопролиття, і шведи вже під носом. Невідомо, чому зволікаєш». – «Ви мені не радите, а тільки мене обмовляєте. Чорт вас візьми! – сказав Мазепа, спалахнувши. – От я візьму Орлика і поїду з ним до двору його царської величності, а ви собі тут хоч пропадайте!» Одначе за хвилю Мазепа пом'якшав і ласкаво запитав старшини: «Посилати до короля чи ні?» – «Як не посилати, давно час!» – відповідали йому. Тоді Мазепа доручив Орликові написати інструкцію посольству до шведського міністра графа Піпера. Мазепа в цій інструкції висловлював радість з приводу прибуття Карла XII на Україну, просив допомоги і визволення всього малоросійського народу від тяжкого московського ярма й обіцяв шведському війську підготувати пороми на Десні, біля Макошинської пристані. Цю інструкцію повіз, за наказом Мазепи, правитель його Шептаковської волості Бистрицький, свояк Мазепин, вирушивши у шведську армію разом з полоненим шведом, якого послали з ним за перекладача. Між тим до Меншикова Мазепа послав свого небожа Войнаровського сповістити царського улюбленця, що від хвороби перебуває при смерті і від'їжджає з Батурина до Борзни, де має намір соборуватися оливою у київського архієрея. Меншиков, одержавши таку звістку, повідомив про це цареві. «Шкода таку гарну людину, якщо від хвороби його Бог не визволить, – писав він, – а про хворобу свою пише, що від хирагричної та подагричної хвороби сталася з ним епілепсія». Між тим Меншиков сам вирішив їхати до гетьмана в Борзну.