Як тільки татари довідались, що кошовий із 7350 запорожцями вийшов із Січі на захід, умить же двома ордами наскочили на Запорожжя. Перша хотіла перевезтися через Дніпро біля устя Кам'янки, щоб напасти прямо на Січ, але тут Стягайло з військовими байдаками перешкодив татарам на перевозі і навіть потопив деякі їхні судна разом із людьми. Друга орда таки продерлася крізь російське військо генерала Б ерга, що стояло понад річкою Конкою, наскочила на запорозьку Кальміуську паланку, і хоч запорожці завзято оборонялися, але татари всіх їх перебили й, подавшись на північ, поруйнували Самарську, Протовчанську й Орельську паланки. Полковник Порохня, що був на лівобережних запорозьких землях, мав у всіх паланках всього 1260 козаків, та й ті були розкидані, через те він не зміг оборонити лівобережного Запорожжя, й татари попалили багато зимівників та слобід, забрали в неволю понад 300 душ, і між ними 60 запорозьких дідів-пасічників, та до того, ще зайняли 22 000 голів запорозької худоби, з якої 600 коней самого кошового. Незважаючи на таку небезпеку для Запорожжя, Калнишевський мав був іти на Буг і звідтіля вислати в авангард війська генерала Зорича 1000 запорожців під проводом старшин Андрія Ляха та Олекси Чорного. В серпні із наказу Румянцева, він кинув ще два загони на поміч генералові Зоричу: один під проводом Павла Головатого під Очаків і другий під проводом Андрія Носача — до Дністра.
Таким чином усе Запорозьке Військо було поділене на дрібні загони, воювало без власної ініціативи й було тільки на послугах у війська російського, ведучи йому перед та показуючи шляхи, криниці, місця для таборів тощо. Проте всі відділи запорожців воювали сміло і стали російському військові у великій пригоді, а один з тих відділів, який од Носача перейшов до Семена Галицького, повернувся восени на Січ навіть з великою здобиччю, пригнавши 18 бранців, 20000 коней, 1000 рогатої худоби, 4000 овець та 180 верблюдів. Частину здобичі було одіслано Кошем у подарунок Румянцеву й сенаторам; решту ж поділили військом, як звичайно.
Щасливий ще похід стався в листопаді 1769 року під орудою полковника запорозького Колпака. Він вистежив татар біля річки Вовчої, розгромив їх упень і захопив корогву та 170 коней.
У листопаді Калнишевський із головним військом урочисто вступив у Січ. Наказний кошовий Іван Бурное із старшими дідами зустрів військо верхи біля Багнової могили, коли ж військо наблизилось до самої Січі, то на січових баштах стали палити з гармат.
На зиму запорожці розіслали в степи бекети й поставили на могилах “хвигури”: 1) біля устя річки Кам'янки; 2) на низу Дніпра в урочищі Скалозубовім; 3) за Дніпром, проти Січі, на урочищі Темному; 4) над Дніпром, на Лисій горі; 5) на урочищі Городищі (Кам'яний Затон); 6) в Голій Пристані на Дніпрі; 7) над Дніпром, в урочищі Тарасівському; 
в урочищі Біленькому; 9 та 10) на Дніпрових островах — Хортиці й Дубовому, що між порогами; 11 — 16) понад Самарою: біля Ново-Богородського ретраншементу, в урочищі Садках, у Вільному, в урочищі Лучині, в Журавському й в урочищі Богдановому. Опріч бекетів біля хвигур, запорожці об'їздили ще сю зиму степи окремими чатами, бо відомо, що вони відвідували річку Гайчур та могили Барабашеву й Токмак.
Доки військо перебувало зиму на Січі, поміж запорожцями знову вибухнуло незадоволення старшиною, найбільше з приводу того, що військо на війні було на послугах російському війську та генералам, які часом поводились із запорожцями і навіть з їхніми полковниками та старшиною дуже нечемно, та ще з приводу того, що Калнишевський, як казали козаки, “підслуговуючись Москві”, покинув без війська східні запорозькі землі й призвів їх до руїни, а чимало товариства — до загину.
У грудні року 1769-го під час обіду в Корсунському курені козак Дорошенко почав дорікати отаману Петрові Остроуху та колишньому кошовому Скапі за те, що вони допомагають “москалеві”, гнітять товариство, і зрештою назвав їх обох зрадниками; після обіду ж, коли Скапа почав Дорошенкові погрожувати, козаки побили Скапу, кажучи, що він, їздивши в Москву “складати закони”, продав запорозькі вольності за того портрета (медаль), що носить на грудях. Калнишевський звелів Дорошенка і всіх, хто бив Скапу, заарештувати, і всупереч із звичаями Війська Запорозького, віддав їх на суд комендантові Ново-Січового ретраншементу. Цим учинком отаман показав, яка різниця була між ним та кошовим Іваном Сірком. Той уперто обстоював незалежність військового запорозького суду од російської влади, кажучи, “як ми видамо одного (самозванця Сімеона), то Москва всіх нас поодинці розтягає”; Калнишевський же сам порушив ту незалежність без вимог навіть із боку російського уряду.
Незадоволення кошовим спалахнуло знову, коли Калнишевський в березні 1770 року виступав у похід. Корсунський курінь не захотів іти слідом за кошовим, вимагаючи, щоб раніше було визволено із в'язниці Дорошенка та його товаришів. Наказний отаман Косап почав умовляти корсунців, але вони, дійшовши до річки Базавлука, отаборилися там і стали вибирати собі нового отамана. Щоб приборкати корсунців, Калнишевський із походу попросив генерала Паніна заарештувати бунтарів російським військом й заслати їх за непокору “на Сиберію”. Так воно й сталося, і чимало запорожців Корсунського куреня загинуло в Сибіру на каторзі.
З цих випадків видно, що Калнишевський, як і колись Мазепа, Самойлович та Брюховецький, підтримав свою владу на Січі не власним впливом на громаду, а силою російського уряду та війська.
Останній вчинок украй одвернув од нього запорожців і в березні того ж року Щербинський курінь змовився, щоб Калнишевського вбити та, обравши кошовим отаманом Пилипа Федорова, перейти під протекцію турецького султана. Змова ця почала поширюватись у війську, та про неї довідався один із січових священиків і застеріг Калнишевського, а той ужив заходів, щоб завчасу загасити бунт.
На початку року 1770-го все Запорозьке Військо було поділене на три частини. Головне військо — 7352 козаків із Калнишевським на чолі було віддане під команду князя Прозоровського. Друге військо — Низове, 2930 козаків — під керуванням військового старшини Третяка — на чотирьох десятках байдаків випливло в лиман під Очаків; нарешті, третя частина війська — 995 козаків — під орудою полковника Порохні стала під команду генерала Берга, військо якого стояло на річці Конці.
З першого війська ватаги комонних запорожців об'їхали всі степи біля Очакова, здобули його передмістя, причому 10 запорожців було вбито та 27 поранено, і дійшли до Дністровського лиману. Виявилось, що татари поховались у фортецях та за Дністром і навіть худобу свою позаганяли так, що запорожцям небагато дісталося здобичі.
Запорозькі байдаки з полковником Третяком ціле літо вишукували ворогів у лиманах і мали зачіпку з турками біля Кінбурзького замку. Зачувши на Кінбурзі стрілянину, з Очакова випливли 11 турецьких кораблів і погнались за запорожцями. Третяк заманив турків до Дніпрових гирл. Зчепився там із ворожими кораблями й невеликими гарматами із своїх байдаків накоїв трьом кораблям такої шкоди, що весь турецький флот мусив тікати назад у Очаків. Восени, повернувшись на Січ, Третяк попросив генерала Паніна, чи не можна б дати Війську Запорозькому хоч дві гармати, які б стріляли так далеко, як турецькі.
Тієї ж осені головний відділ Запорозького Війська ходив під рукою князя Прозоровського під Очаків. Проти нього з фортеці виступила залога в 5000 душ із гарматами, та запорожці разом із донцями та карабінерами розгромили її й захопили здобич: три мідяних гармати, 11 прапорів, пернач та безліч усілякої зброї. Як виходить, цей бій був нелегкий, бо в запорожців загинув курінний отаман Яків Воскобойник та поранило курінного Михайла Дегтяря і двох військових старшин, Івана Бурноса та Пилипа Стягайла.
Після того, як турки й татари були розбиті біля річки Ларги, а пізніше біля Кагулу, татари кинулись тікати із Буджака через Очаків та Кінбурн у Крим. Тут їх вистежив Данило Третяк своїм флотом, розбив деякі їхні загони й захопив 673 душі невільників, здебільшого волохів та жидів, а пізніше напав на самого кримського хана, коли той переїздив через Кінбурнзьку косу й, знищивши військо, що з ним було, відібрав дві корогви та срібну, з позолотою, палицю. Навіть сам хан ледве не дістався йому в бранці. З визволеного полону волохів було поселено на запорозьких землях біля устя річки Сури, — село Волоське, що існує й зараз; жидів же запорожці не захотіли тримати на своїй землі й одіслали в фортецю святої Єлизавети до російського начальства.